A ideia é que o aplicativo se transforme em um enorme banco de dados
Usando seu enorme banco de dados, o aplicativo “PlantNet” promete revolucionar a forma de pesquisar o meio-ambiente. Os usuários poderão identificar e acrescentar informações sobre plantas. Para usar, basta apontar a câmera para a espécie, tirar uma foto e depois escolher entre “folha”, “flor”, “fruto” ou “casca de árvore”. Depois, o aplicativo se encarrega de procurar e mostrar os resultados semelhantes à busca. A ideia, segundo os desenvolvedores, é que ele seja funcional tanto para usuários caseiros quanto para os profissionais da área. No futuro, o app terá um enorme banco de dados colaborativo de conhecimento sobre as plantas. Legal, né? O aplicativo está disponível para iOS e Android.
via Glamurama
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quarta-feira, 23 de setembro de 2015
quinta-feira, 30 de outubro de 2014
Acervo deo herbário é digitalizado para integrar banco de dados internacional
Fonte de pesquisa e divulgação da flora brasileira, com aproximadamente 400 mil plantas secas identificadas e preservadas, o acervo do herbário do Museu Botânico de Curitiba está sendo digitalizado.
O processo de digitalização e disponibilização online do acervo faz parte do processo de implantação do Sistema de Informação sobre a Biodiversidade Brasileira (SIBBR), coordenado pelo Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação (MCTI), com recursos do Fundo para o Meio Ambiente Global (GEF), do Banco Mundial.
O SIBBR qualifica, reúne e torna disponível na internet, gratuitamente, a informação de biodiversidade contida em coleções de recursos biológicos do País, além de garantir a atualização dos dados e o desenvolvimento de produtos e serviços.
Com a implementação do SIBBR, o Brasil fará parte, como associado, da Plataforma Internacional de Informação sobre Biodiversidade (GBIF, na sigla em inglês), uma iniciativa global dedicada ao compartilhamento de dados sobre biodiversidade. Com isso, os arquivos brasileiros passam a integrar os dados de uma rede que soma mais de 388 milhões de registros de espécies, em mais de dez mil bancos de dados provenientes de 422 instituições.
“O compartilhamento de dados por instituições de todo o mundo e a facilidade de acesso a esta plataforma contribuirão para o desenvolvimento de pesquisas científicas e para a definição de políticas públicas voltadas à preservação do meio ambiente”, explica o curador do Herbário do Museu Botânico Municipal, Osmar dos Santos Ribas,.
A digitalização está sendo realizada por quatro profissionais e deverá ser concluída em um prazo máximo de dois anos. Além de imagens, ficarão disponíveis para consulta a identificação científica, a data da coleta, informações sobre o ambiente, descrição e localização por georreferenciamento.
Além do Jardim Botânico do Rio de Janeiro e do Instituto Botânico de São Paulo, que estão com 100% do acervo digitalizado e disponível para consulta, o Museu Paraense Emilio Goeldi e o Instituto de Pesquisa Ambiental da Amazônia (IPAM) também estão digitalizando os seus acervos.
Histórico
Fundado há 48 anos pelo saudoso botânico curitibano Gerdt Guenther Hatschbach, cujo nome é referência internacional no assunto, o Museu Botânico e o Herbário Municipal recebem a cada ano cerca de 300 mil visitantes. Pesquisadores da instituição ministram cursos e palestras para grupos específicos sobre assuntos relacionados à botânica, ecologia e meio ambiente, conforme calendário próprio e mediante solicitação.
A Plataforma Internacional de Informação sobre Biodiversidade (GBIF) é composta por 58 países e 46 organizações que reúnem informações sobre a existência de espécies vegetais, animais e microrganismos registrados em herbários, museus, coleções zoológicas e microbianas, além de sistemas com dados de observação. Trata-se da maior iniciativa multilateral de acesso virtual a esse tipo de informação.
A rede foi fundada em 2001 e tem sede em Copenhague, na Dinamarca. Na América Latina, países como Argentina, Chile, Colômbia, Costa Rica, Cuba, México, Nicarágua, Peru e Uruguai já integram o GBIF.
via Bem Paraná
O processo de digitalização e disponibilização online do acervo faz parte do processo de implantação do Sistema de Informação sobre a Biodiversidade Brasileira (SIBBR), coordenado pelo Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação (MCTI), com recursos do Fundo para o Meio Ambiente Global (GEF), do Banco Mundial.
O SIBBR qualifica, reúne e torna disponível na internet, gratuitamente, a informação de biodiversidade contida em coleções de recursos biológicos do País, além de garantir a atualização dos dados e o desenvolvimento de produtos e serviços.
Com a implementação do SIBBR, o Brasil fará parte, como associado, da Plataforma Internacional de Informação sobre Biodiversidade (GBIF, na sigla em inglês), uma iniciativa global dedicada ao compartilhamento de dados sobre biodiversidade. Com isso, os arquivos brasileiros passam a integrar os dados de uma rede que soma mais de 388 milhões de registros de espécies, em mais de dez mil bancos de dados provenientes de 422 instituições.
“O compartilhamento de dados por instituições de todo o mundo e a facilidade de acesso a esta plataforma contribuirão para o desenvolvimento de pesquisas científicas e para a definição de políticas públicas voltadas à preservação do meio ambiente”, explica o curador do Herbário do Museu Botânico Municipal, Osmar dos Santos Ribas,.
A digitalização está sendo realizada por quatro profissionais e deverá ser concluída em um prazo máximo de dois anos. Além de imagens, ficarão disponíveis para consulta a identificação científica, a data da coleta, informações sobre o ambiente, descrição e localização por georreferenciamento.
Além do Jardim Botânico do Rio de Janeiro e do Instituto Botânico de São Paulo, que estão com 100% do acervo digitalizado e disponível para consulta, o Museu Paraense Emilio Goeldi e o Instituto de Pesquisa Ambiental da Amazônia (IPAM) também estão digitalizando os seus acervos.
Histórico
Fundado há 48 anos pelo saudoso botânico curitibano Gerdt Guenther Hatschbach, cujo nome é referência internacional no assunto, o Museu Botânico e o Herbário Municipal recebem a cada ano cerca de 300 mil visitantes. Pesquisadores da instituição ministram cursos e palestras para grupos específicos sobre assuntos relacionados à botânica, ecologia e meio ambiente, conforme calendário próprio e mediante solicitação.
A Plataforma Internacional de Informação sobre Biodiversidade (GBIF) é composta por 58 países e 46 organizações que reúnem informações sobre a existência de espécies vegetais, animais e microrganismos registrados em herbários, museus, coleções zoológicas e microbianas, além de sistemas com dados de observação. Trata-se da maior iniciativa multilateral de acesso virtual a esse tipo de informação.
A rede foi fundada em 2001 e tem sede em Copenhague, na Dinamarca. Na América Latina, países como Argentina, Chile, Colômbia, Costa Rica, Cuba, México, Nicarágua, Peru e Uruguai já integram o GBIF.
via Bem Paraná
terça-feira, 10 de junho de 2014
Portal Tudo sobre Plantas
Projeto que visa, desde novembro de 2002, catalogar todas as espécies de plantas em uma Enciclopédia Botânica Online de Plantas - Nativas e Exóticas cultivadas em território nacional.
As fichas da plantas são apresentadas da seguinte forma:
Características
Principais utilizações
Dados de plantio, cultivo e colheita
Propriedades farmacológicas
Ecologia
Bibliografia
Glossário ilustrado de termos
Fotos de colaboradores e voluntários
Espaço para comentários sobre a espécie, e
Debates públicos sobre as diversas espécies apresentadas.
Todas as informações disponíveis no portal são selecionadas de vários grupos de estudos relacionados, fóruns, jornais, mídias online em geral, como também de livros e publicações especializadas.
segunda-feira, 30 de setembro de 2013
Imenso herbário virtual leva flora brasileira para a internet
Acervo on-line é composto de 420 mil fotografias de plantas nacionais. Pesquisadores de todo o mundo podem editar banco de dados.
Efe | G1
Imenso herbário virtual leva flora brasileira para a internet (Foto: Reprodução/Reflora)
A exuberante flora brasileira está ao alcance de todo o mundo a partir de domingo (29) graças a um herbário virtual com centenas de milhares de imagens em alta resolução. O acervo está aberto à edição para pesquisadores, no mais puro estilo "wiki".
O herbário, disponível gratuitamente na internet, é composto por 420 mil fotografias de plantas prensadas e desidratadas, muitas delas colhidas por naturalistas europeus nos séculos XVIII e XIX. Acesse aqui.
A coordenadora do projeto, Rafaela Campostrini Forzza, explicou à EFE que a pesquisa no herbário virtual pode contribuir para conhecer melhor a flora brasileira, fomentar sua conservação e solucionar dúvidas sobre a distribuição geográfica de cada espécie vegetal, pontos que ainda se sabe pouco por causa da falta de dados.
"Acreditamos que, ao ampliar a quantidade de dados disponíveis, vamos poder responder [à incógnita] de que espécies estão extintas e também quais estão perto da extinção, o que pode nos ajudar a tirá-las desta lista. É o que esperamos", afirma Forzza.
A "grande inovação" do herbário virtual, segundo Rafaela, está em permitir aos pesquisadores de todo o mundo acessar o banco de dados e editar on-line qualquer dado que julgarem estar errado ou incompleto, sem supervisão de moderadores, no mesmo formato das páginas colaborativas, como a Wikipédia.
A rede de colaboradores está aberta de forma gratuita a instituições de todo o mundo e já conta com 500 taxonomistas inscritos, que a partir de agora podem investigar a flora e alterar a informação de qualquer espécie.
"Algumas amostras são antigas e a identificação pode ter mudado com o tempo. Esperamos que os pesquisadores consigam identificar se há problemas", comenta.
O herbário é composto por amostras de plantas brasileiras colhidas entre os séculos XVIII e XIX que se encontram nos Jardins Botânicos Reais em Kew (Reino Unido), no Museu Nacional de História Natural de Paris, além do vasto acervo do Jardim Botânico do Rio de Janeiro, criado em 1890.
As mais antigas já permitiram comprovar de primeira mão a vegetação que existia em áreas agora urbanizadas, como é o caso de Copacabana, bairro carioca fundado há 121 anos.
Rafaela explica que as amostras conservadas nos herbários europeus permitiram comprovar que em Copacabana havia uma vegetação junto ao solo chamada "restinga", aparentemente similar a de outras praias virgens hoje.
Mas só a análise futura das amostras poderá comprovar se essa vegetação era exatamente igual à de outras praias atuais, ou se tiveram alterações ou se alguma dessas plantas se extinguiu.
Os usuários comuns não poderão editar a base de dados do herbário, mas terão acesso à ferramenta completa de busca, que permite navegar por toda a flora do Brasil, incluindo a amazônica, e pelas diferentes épocas nas quais foram colhidas as amostras.
O site também possui ferramentas para auxiliar os pesquisadores, como a que permite medir a dimensão das pétalas, caule e frutos, e também uma paleta de cores para ajustar a tela e ver perfeitamente as imagens de alta resolução, que chegam até a 600 dpi.
A expectativa dos criadores do herbário virtual é expandir seu acervo até perto de 1 milhão de amostras em 2015, já que a base de dados incorpora cerca de 1 mil lâminas por dia.
O herbário foi lançado pelo Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), que demorou uma década em iniciar o projeto porque há dez anos o alto custo de armazenamento o tornava inviável, explica Rafaela.
Efe | G1
Imenso herbário virtual leva flora brasileira para a internet (Foto: Reprodução/Reflora)
A exuberante flora brasileira está ao alcance de todo o mundo a partir de domingo (29) graças a um herbário virtual com centenas de milhares de imagens em alta resolução. O acervo está aberto à edição para pesquisadores, no mais puro estilo "wiki".
O herbário, disponível gratuitamente na internet, é composto por 420 mil fotografias de plantas prensadas e desidratadas, muitas delas colhidas por naturalistas europeus nos séculos XVIII e XIX. Acesse aqui.
A coordenadora do projeto, Rafaela Campostrini Forzza, explicou à EFE que a pesquisa no herbário virtual pode contribuir para conhecer melhor a flora brasileira, fomentar sua conservação e solucionar dúvidas sobre a distribuição geográfica de cada espécie vegetal, pontos que ainda se sabe pouco por causa da falta de dados.
"Acreditamos que, ao ampliar a quantidade de dados disponíveis, vamos poder responder [à incógnita] de que espécies estão extintas e também quais estão perto da extinção, o que pode nos ajudar a tirá-las desta lista. É o que esperamos", afirma Forzza.
A "grande inovação" do herbário virtual, segundo Rafaela, está em permitir aos pesquisadores de todo o mundo acessar o banco de dados e editar on-line qualquer dado que julgarem estar errado ou incompleto, sem supervisão de moderadores, no mesmo formato das páginas colaborativas, como a Wikipédia.
A rede de colaboradores está aberta de forma gratuita a instituições de todo o mundo e já conta com 500 taxonomistas inscritos, que a partir de agora podem investigar a flora e alterar a informação de qualquer espécie.
"Algumas amostras são antigas e a identificação pode ter mudado com o tempo. Esperamos que os pesquisadores consigam identificar se há problemas", comenta.
O herbário é composto por amostras de plantas brasileiras colhidas entre os séculos XVIII e XIX que se encontram nos Jardins Botânicos Reais em Kew (Reino Unido), no Museu Nacional de História Natural de Paris, além do vasto acervo do Jardim Botânico do Rio de Janeiro, criado em 1890.
As mais antigas já permitiram comprovar de primeira mão a vegetação que existia em áreas agora urbanizadas, como é o caso de Copacabana, bairro carioca fundado há 121 anos.
Rafaela explica que as amostras conservadas nos herbários europeus permitiram comprovar que em Copacabana havia uma vegetação junto ao solo chamada "restinga", aparentemente similar a de outras praias virgens hoje.
Mas só a análise futura das amostras poderá comprovar se essa vegetação era exatamente igual à de outras praias atuais, ou se tiveram alterações ou se alguma dessas plantas se extinguiu.
Os usuários comuns não poderão editar a base de dados do herbário, mas terão acesso à ferramenta completa de busca, que permite navegar por toda a flora do Brasil, incluindo a amazônica, e pelas diferentes épocas nas quais foram colhidas as amostras.
O site também possui ferramentas para auxiliar os pesquisadores, como a que permite medir a dimensão das pétalas, caule e frutos, e também uma paleta de cores para ajustar a tela e ver perfeitamente as imagens de alta resolução, que chegam até a 600 dpi.
A expectativa dos criadores do herbário virtual é expandir seu acervo até perto de 1 milhão de amostras em 2015, já que a base de dados incorpora cerca de 1 mil lâminas por dia.
O herbário foi lançado pelo Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), que demorou uma década em iniciar o projeto porque há dez anos o alto custo de armazenamento o tornava inviável, explica Rafaela.
segunda-feira, 11 de março de 2013
Base de dados brasileira de produtos naturais recebe reconhecimento internacional
NuBBE Database, criada a partir de uma cooperação entre o Instituto de Química da Unesp de Araraquara e do Instituto de Física da USP de São Carlos, é tema de artigo de importante publicação do setor; banco de dados reúne informações sobre 640 compostos de origem natural(Wikimedia)
Por José Tadeu Arantes | Agência Fapesp
Dois importantes reconhecimentos internacionais atestaram recentemente a qualidade da NuBBE Database, uma base de dados inédita sobre produtos naturais isolados a partir da biodiversidade do Brasil, com informações sobre o potencial desses metabólitos secundários para uso em química medicinal, ecologia química e metabolômica.
O primeiro foi a publicação, no Journal of Natural Products, do artigo “Development of a Natural Products Database from the Biodiversity of Brazil” (Desenvolvimento de uma Base de Dados sobre Produtos Naturais da Biodiversidade do Brasil), assinado pela própria equipe da NuBBE Database. Coeditado pela American Society of Pharmacognosy e pela American Chemical Society, o periódico é considerado um dos melhores do mundo na área da química de produtos naturais.
O segundo foi a solicitação feita à NuBBE Database pelo banco de dados Zinc, pedindo permissão para estabelecer um link cruzado entre os portais das duas base de dados. O Zinc, um serviço pertencente ao Laboratório Shoichet, do Departamento de Química Farmacêutica da Universidade da Califórnia, San Francisco (UCSF), é referência no campo da química medicinal, com informações sobre mais de 21 milhões de compostos de uso farmacêutico disponíveis no mercado.
Fortalecida agora com a chancela internacional, a NuBBE Database nasceu da cooperação entre o Núcleo de Bioensaios, Biossíntese e Ecofisiologia de Produtos Naturais (NuBBE), da Universidade Estadual Paulista (Unesp), campus de Araraquara, e o Laboratório de Química Medicinal e Computacional (LQMC), do Instituto de Física de São Carlos, da Universidade de São Paulo (USP).
A base disponibiliza dados sobre 640 compostos de origem natural, estudados pelo NuBBE ao longo de seus 15 anos de existência. A expectativa dos coordenadores - os professores Vanderlan Bolzani, da Unesp, e Adriano Defini Andricopulo, da USP de São Carlos - é que ela continue crescendo, até englobar todos os compostos com potencial medicinal já isolados a partir dos biomas brasileiros. Para isso, os coordenadores buscam apoio institucional estadual e federal.
Bolzani, professora titular do Instituto de Química da Unesp de Araraquara e idealizadora da NuBBE Database, disse à Agência FAPESP que a inspiração para criar essa base de dados lhe ocorreu quando participou de um congresso científico na China, em 2005. “Fiquei fascinada com a base de dados sobre produtos naturais utilizados pela medicina chinesa”, afirmou ela, que também é membro da coordenação do programa BIOTA-FAPESP.
A ideia ganhou corpo no diálogo com Andricopulo, coordenador do LQMC, com larga experiência na elaboração de bases de dados robustas, como por exemplo a PK/DB - a primeira base de dados sobre propriedades farmacocinéticas da América Latina, criada no Laboratório de Química Medicinal e Computacional. O resultado foi uma bem-sucedida parceria entre as duas instituições.
Os doutorandos Marilia Valli (NuBBE) e Ricardo Nascimento dos Santos (LQMC), ambos bolsistas da FAPESP, e a estudante de iniciação científica Cíntia Hiromi Nakajima (bolsa empresa) engajaram-se firmemente na sistematização dos dados, antes dispersos por 170 artigos científicos produzidos pelo NuBBE. E o mestre em ciência da computação Leandro Figueira implantou essas informações no ambiente computacional, criando uma base de dados virtual aberta, passível de ampliação e de reiterada atualização.
A natureza como laboratório
A base de dados está alojada no site nubbe.iq.unesp.br/nubbeDB.html. Por enquanto, o portal se encontra em fase de teste e o acesso pode ser dificultado em razão dos ajustes que estão sendo efetuados no sistema. A intenção dos coordenadores, porém, é que o portal esteja em pleno funcionamento ainda no primeiro semestre de 2013, permitindo amplo acesso aos grupos de pesquisadores associados e ao público em geral, à medida que alguns dispositivos de segurança forem desenvolvidos.
Tendo acesso, o consulente pode selecionar qualquer um dos 640 compostos descritos - de Acremonium sp a Xylopia aethiopica. E obter informações detalhadas, como origem, classificação, estrutura molecular 3D, massa e volume moleculares, solubilidade, ligações de hidrogênio, violações das regras de Lipinski (que estabelecem o potencial que uma molécula apresenta de ser absorvida oralmente) etc. “São parâmetros fundamentais quando se investiga uma molécula visando à produção de um protótipo com finalidade farmacêutica”, explicou Bolzani.
“A natureza é o laboratório mais sofisticado que existe. Precisamos estudar a fundo seus compostos, investigar seu potencial medicinal, descobrir como essa riqueza química é afetada por fatores bióticos e abióticos, ecossistemas, associações, local ou época de coletas, processos de isolamento e identificação etc. Entender o universo molecular da biodiversidade é avançar no conhecimento sobre as espécies de ambientes tropicais e equatoriais como o nosso, para poder reproduzir por biotecnologia ou sintetizar tais compostos em laboratórios.”
Como exemplo de uma classe de substâncias de interesse do NuBBE, a pesquisadora citou um alcaloide que, com pequenas modificações, resultou em um inibidor de acetilcolinesterase. A inibição da acetilcolinesterase (enzima responsável pela quebra da molécula do neurotransmissor acetilcolina) é uma das estratégias mais promissoras para o tratamento da doença de Alzheimer, que afeta hoje quase 40 milhões de pessoas em todo o mundo.
Em razão de sua riquíssima biodiversidade, que reúne aproximadamente 20% de todas as espécies do planeta, o Brasil apresenta um enorme potencial para a produção de conhecimento e de produtos com valor agregado - incluindo medicamentos naturais ou derivados, suplementos alimentares, cosméticos e materiais para controle de pragas e parasitas agrícolas.
Uma iniciativa como a NuBBE Database oferece consistentes fundamentos científicos para o aproveitamento dos produtos naturais oriundos de nossos biomas. Ou seja, para transformar esse potencial em realidade.
+ Diversidade organizada
quinta-feira, 11 de outubro de 2012
Diversidade organizada
Núcleo lança base de dados sobre compostos químicos com potencial para gerar fármacos
FABRÍCIO MARQUES | Pesquisa Fapesp
© H.ZELL / WIKICOMMONS
Estudos sobre a busca de fármacos em espécies de Rubiaceae, como o cafeeiro, abastecem a ferramenta on-line
Informações detalhadas sobre 640 compostos químicos extraídos da biodiversidade brasileira estão disponíveis para consulta na internet, no endereço www.nubbe.iq.unesp.br/nubbeDB.html. A base de dados reúne o conhecimento gerado em 15 anos de pesquisas do Núcleo de Bioensaios, Biossíntese e Ecofisiologia de Produtos Naturais (NuBBE) da Universidade Estadual Paulista (Unesp), em Araraquara.
“Constatamos que os nossos resultados de pesquisa, publicados em mais de 170 artigos, poderiam ser mais úteis se organizados em uma base de dados do que fragmentados. Temos informações valiosas sobre a diversidade química das espécies estudadas e resolvemos disponibilizá-las para que outros pesquisadores possam utilizar estes dados em estudos adicionais”, diz Vanderlan Bolzani, professora do Instituto de Química (IQ) da Unesp em Araraquara e membro da coordenação do programa Biota-FAPESP. A base de dados foi idealizada em colaboração com o professor Adriano D. Andricopulo, do Laboratório de Química Medicinal e Computacional (LQMC) do Instituto de Física (USP - São Carlos), e seu aluno de doutorado Ricardo N. Santos, bolsista da FAPESP.
Propriedades identificadasA ferramenta reúne informações diversas, como a origem dos compostos, a espécie de onde foram isolados, suas propriedades químicas e atividades biológicas identificadas. O resultado da pesquisa on-line permite também ver a estrutura química, uma tabela de informações dos compostos e baixar a estrutura em três dimensões. A base de dados do NuBBE é integrada por 80% de compostos isolados de plantas, 6% de fungos ou microrganismos, 7% de compostos sintéticos inspirados em produtos naturais, 5% de compostos semissintéticos e 2% de produtos de biotransformação (modificados por enzimas). Um conjunto de propriedades ajuda a definir se o composto tem algum potencial para ser utilizado no planejamento de novos fármacos. “A base é quimicamente diversificada e rica. Trata-se de uma fonte interessante para identificação de compostos bioativos para serem testados em outros ensaios mais sofisticados”, diz Vanderlan Bolzani. Seu trabalho sobre a busca de substâncias anticancerígenas em espécies de Rubiaceae brasileiras, feito na década de 1990, é um dos mais antigos da base de dados.
FABRÍCIO MARQUES | Pesquisa Fapesp
© H.ZELL / WIKICOMMONS
Estudos sobre a busca de fármacos em espécies de Rubiaceae, como o cafeeiro, abastecem a ferramenta on-line
Informações detalhadas sobre 640 compostos químicos extraídos da biodiversidade brasileira estão disponíveis para consulta na internet, no endereço www.nubbe.iq.unesp.br/nubbeDB.html. A base de dados reúne o conhecimento gerado em 15 anos de pesquisas do Núcleo de Bioensaios, Biossíntese e Ecofisiologia de Produtos Naturais (NuBBE) da Universidade Estadual Paulista (Unesp), em Araraquara.
“Constatamos que os nossos resultados de pesquisa, publicados em mais de 170 artigos, poderiam ser mais úteis se organizados em uma base de dados do que fragmentados. Temos informações valiosas sobre a diversidade química das espécies estudadas e resolvemos disponibilizá-las para que outros pesquisadores possam utilizar estes dados em estudos adicionais”, diz Vanderlan Bolzani, professora do Instituto de Química (IQ) da Unesp em Araraquara e membro da coordenação do programa Biota-FAPESP. A base de dados foi idealizada em colaboração com o professor Adriano D. Andricopulo, do Laboratório de Química Medicinal e Computacional (LQMC) do Instituto de Física (USP - São Carlos), e seu aluno de doutorado Ricardo N. Santos, bolsista da FAPESP.
Propriedades identificadasA ferramenta reúne informações diversas, como a origem dos compostos, a espécie de onde foram isolados, suas propriedades químicas e atividades biológicas identificadas. O resultado da pesquisa on-line permite também ver a estrutura química, uma tabela de informações dos compostos e baixar a estrutura em três dimensões. A base de dados do NuBBE é integrada por 80% de compostos isolados de plantas, 6% de fungos ou microrganismos, 7% de compostos sintéticos inspirados em produtos naturais, 5% de compostos semissintéticos e 2% de produtos de biotransformação (modificados por enzimas). Um conjunto de propriedades ajuda a definir se o composto tem algum potencial para ser utilizado no planejamento de novos fármacos. “A base é quimicamente diversificada e rica. Trata-se de uma fonte interessante para identificação de compostos bioativos para serem testados em outros ensaios mais sofisticados”, diz Vanderlan Bolzani. Seu trabalho sobre a busca de substâncias anticancerígenas em espécies de Rubiaceae brasileiras, feito na década de 1990, é um dos mais antigos da base de dados.
A sistematização dos dados foi feita por uma equipe de seis pessoas, entre técnicos e pesquisadores, e durou dois anos. O site da base de dados foi idealizado pelo mestre em ciência da computação Leandro Figueira. “Uma aluna de iniciação científica nos auxiliou na análise de todos os papers do NuBBE e na obtenção de dados dos compostos”, diz Marilia Valli, aluna de doutorado do IQ da Unesp e bolsista da FAPESP, que trabalha num projeto sobre o potencial dos produtos naturais do NuBBE como fonte para o planejamento racional de novos agentes antitumorais. A tese de Marilia, orientada por Vanderlan, deve ser concluída em 2013. Uma das ambições do projeto é cruzar as informações do NuBBE com o Sistema de Informação Ambiental (Sinbiota), que relaciona informações geradas por projetos do programa Biota-FAPESP com uma base cartográfica. “Ainda não está disponível, mas queremos mostrar as espécies a que os compostos estão relacionados e o hábitat em que elas vivem. Esperamos que esta base seja o ponto de partida para um banco de dados nacional de todas as substâncias já isoladas dos biomas brasileiros. Temos que sensibilizar os colegas do valor que representaria tal tarefa”, diz Vanderlan.
terça-feira, 8 de maio de 2012
Jardim Botânico entra para Rede de Memória Virtual da Biblioteca Nacional
A Biblioteca Nacional fechou parceria com o Instituto de Pesquisa Jardim Botânico do Rio de Janeiro para que as publicações da entidade façam parte da Rede da Memória Virtual Brasileira, projeto da FBN para digitalizar e disponibilizar na internet os acervos das instituições nacionais que disponham de um patrimônio visual ou textual. Inicialmente, foram digitalizados os exemplares da revista Rodriguésia. Conheça mais sobre o projeto aqui.
Fonte: Boletim Fundação Biblioteca Nacional
sexta-feira, 20 de abril de 2012
Memória da Botânica no Brasil é narrada em vídeos
Portal do projeto Memória em vídeo dos Botânicos do Brasil já tem 22 entrevistas disponíveis
Agência FAPESP - Com o objetivo de preservar a memória da botânica brasileira, Massanori Takaki, professora da Universidade Estadual Paulista (Unesp) , criou o projeto Memória em vídeo dos Botânicos do Brasil.
A iniciativa reúne vídeos de entrevistas nas quais os próprios botânicos contam as suas trajetórias acadêmicas e científicas. O material está disponível para livre acesso no portal do projeto.
Até o momento foram gravadas 27 entrevistas e 22 já estão on-line, entre elas a de Alfredo Gui Ferreira, da Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Gil Martins Felippe, da Universidade Estadual de Campinas, e Carlos Eduardo de Mattos Bicudo, do Instituto de Botânica de São Paulo. O projeto está cadastrado na Pró-Reitoria de Extensão na Unesp.
segunda-feira, 9 de abril de 2012
Flora-On: um portal onde pode encontrar toda a flora portuguesa
Se é um entendido ou um mero curioso das plantas da flora portuguesa, o Flora-On é um portal para ter nos favoritos. O portal foi lançado oficialmente a 25 de Fevereiro pela Sociedade Portuguesa de Botânica (SPB) e está orientado para ser simples e intuitivo, facilitando ao máximo a procura e identificação de plantas. Tanto ao público em geral como ao mais especializado.
“O Flora-On é um portal de pesquisa de fotografias, informação, distribuição e identificação da flora da Portugal. Tem uma extensa base de dados fotográficos, morfológicos e geográficos por trás”, explicaram os responsáveis pelo projeto no seu lançamento.
Segundo a SPB, o portal pretende ter “uma abordagem inovadora à disponibilização da informação da Flora para todo o público”. Para isso, o Flora-On cobre todas as espécies de plantas vasculares, autóctones ou naturalizadas listadas para a flora de Portugal (Continente, Açores e Madeira).
Desenvolvido com base no trabalho voluntário de vários botânicos e investigadores, o Flora-On está em permanente atualização e foi concebido para facultar ao público especializado - e não especializado - o acesso gratuito, simples e intuitivo à informação científica das plantas portuguesas.
Acesse o Flora-On
Fonte: Green Savers
segunda-feira, 29 de agosto de 2011
UNIARP incentiva criação de banco de dados sobre biodiversidade
A Universidade Alto Vale do Rio do Peixe (UNIARP) através dos acadêmicos bolsistas Cassio Geremia Freire, Maria Fabíola Ribeiro dos Santos e Marizete Müller, do curso de Ciências Biológicas e Roger Campos, do curso de Engenharia Ambiental, está desenvolvendo o projeto científico “Biblioteca virtual de dados sobre fungos ectomicorrízicos - Hymenomycetes - em Pinus taeda e Briófitas na região de Caçador-SC”.
O projeto tem como principal objetivo a armazenagem de informações científicas das diversas espécies encontradas no município de Caçador, visando a criação de um banco de conhecimentos da biodiversidade local.
As atividades são orientadas por professores da área de microbiologia e botânica da UNIARP.
Exemplares de espécies botânicas estão sendo coletadas e fotografadas em áreas pré-determinadas. Além disso, as características do local e do exemplar são descritas em fichas padronizadas de coleta. Posteriormente, são realizadas diversas análises macroscópicas e microscópicas no laboratório da UNIARP, bem como testes químicos.
Os resultados destas análises são comparadas e revisadas em literatura especializada para que, então, a identificação e a classificação dos espécimes coletados sejam realizadas.
O projeto tem apoio do Fundo de Apoio a Pesquisa da UNIARP. Inicialmente, o projeto abrange o levantamento de gêneros pertencentes à Classe Hymenomycetes - cogumelos típicos - em áreas de plantio de pinus e Briófitas - espécies comparativas a musgos - coletadas na região do município de Caçador-SC.
O intuito é de ampliar o projeto para que grande parte da flora local seja catalogada e que as informações próprias permaneçam em um histórico organizado. Com isto, a biblioteca virtual poderá ser utilizada como base para diversos trabalhos científicos da área, ampliando e disseminando o conhecimento botânico.
HERBÁRIO BIOVIRTUAL
O blog Herbário Biovirtual é uma extensão do projeto Biblioteca Virtual de Dados Sobre Briófitas e Pteridófitas na Região de Caçador - SC.
O projeto surgiu devido à carência de dados referentes ao estudo de briófitas e pteridófitas da região, sendo que o objetivo é criar um banco de dados, baseados em imagens fotográficas dos espécimes encontrados e fichas de coleta, ou seja, coletar, descrever e fotografar os principais grupos encontrados de briófitas e pteridófitas na margem Rio do Peixe na região central da cidade de Caçador.
No blog o público em geral poderá estar acompanhando o que está sendo realizado pela equipe e, consequentemente ter acesso a todas as informações obtidas no decorrer da pesquisa.
A equipe é formada pela professora orientadora Débora Ceretta Jung e os acadêmicos voluntários, Alex Guilherme Lopes Scotti, Maria Fabíola Ribeiro dos Santos e Marizete Müller, todos acadêmicos da 4ª fase do curso de Ciências Biológicas da UNIARP. O blog pode ser acessado pelo site http://herbariobiovirtualuniarp.webnode.com.br/
Fonte: Planeta Universitário
quarta-feira, 29 de dezembro de 2010
Botânicos reúnem numa lista todas as espécies de plantas conhecidas
Helena Geraldes
Legumes, musgos, rosas e mesmo as ervas mais simples fazem parte da lista mais completa de sempre das plantas conhecidas para a ciência. A base de dados, com mais de um milhão de nomes, está terminada, revelaram hoje os jardins botânicos de Kew e do Missouri, instituições de referência mundial em biologia vegetal.
A Lista das Plantas, que será atualizada, inclui 1,25 milhões de nomes científicos de plantas. Destes, cerca de 300 mil são nomes já aceites e 480 mil são sinónimos. Para os restantes 260 mil nomes ainda não há certezas suficientes e há que investigar mais.
“Todos os nomes válidos publicados para as plantas, ao nível das espécies, foram incluídos na Lista das Plantas. A maioria são sinónimos e nenhum nome foi apagado”, disse Peter H. Raven, director do Jardim Botânico do Missouri, em comunicado.
Stephen Hopper, director dos Jardins de Kew, considera que esta lista “é crucial para planear, implementar e monitorizar os programas de conservação das plantas de todo o mundo”.
Sem nomes específicos, a tarefa de compreender e comunicar o cenário botânico do planeta seria um “caos ineficiente, que custaria muito caro”, revelam os Jardins de Kew, em comunicado. Assim, a lista permite ligar os diferentes nomes científicos utilizados para uma espécie em particular e relacionar as espécies a publicações científicas para ajudar os investigadores.
Os botânicos ingleses e norte-americanos começaram a trabalhar nesta lista em 2008, comparando as famílias de plantas registadas pelos Jardins de Kew e o sistema Trópicos, um banco de dados alimentado desde 1982 pelos Jardins do Missouri, com cientistas a trabalhar em 38 países.
“Nas últimas décadas, estas duas instituições de referência têm feito um investimento extraordinário para identificar espécies à escala global e para construir uma rede de avaliação mundial da diversidade vegetal”, comentou Helena Freitas, directora do Jardim Botânico da Universidade de Coimbra. As duas conseguiram “chegar a um número bastante realista” e cientificamente válido sobre o número de espécies, acrescentou ao PÚBLICO, salientando a “promoção da ideia da importância das plantas como base das cadeias alimentares”.
Em Outubro, os 193 países membros da Convenção sobre a Diversidade Biológica reunidos em Nagoya, no Japão, decidiram criar até 2020 um banco de dados online de toda a flora conhecida no planeta.
Uma em cada cinco plantas no mundo está ameaçada de extinção, revelou em Setembro um estudo da União Internacional da Conservação da Natureza (UICN).
Fonte: Público - Portugal
A lista pode ser acessada em www.theplantlist.org
quinta-feira, 20 de maio de 2010
Jardim Botânico do Rio de Janeiro lança lista de espécies da flora brasileira
Pau-brasil é uma das espécies que deve fazer parte da lista
O Jardim Botânico do Rio de Janeiro lança nesta sexta-feira (21/05) uma lista das espécies da flora brasileira. O conteúdo poderá ser acessado pela internet e reunirá informações de mais de 41 mil espécies de plantas.
A lista começou a ser elaborada em setembro de 2008. Um comitê foi formado e informações de outras listas parciais, oferecidas por diversas entidades, foram utilizadas. Os dados foram migrados para o sistema desenvolvido pelo Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA).
Em 2009, cerca de 400 especialistas, brasileiros e estrangeiros, trabalharam na realização da nova base de dados, fazendo a inclusão de informações inéditas e a correção das que já estavam disponíveis. A lista é um dos compromissos assumidos pelo Brasil com a comunidade internacional. Como signatário da Convenção sobre a Diversidade Biológica, o país tem ainda outras 15 metas a serem alcançadas, que fazem parte da Estratégia Global para a Conservação de Plantas.
Segundo o Instituto de Pesquisa Jardim Botânico do Rio de Janeiro, a única compilação desse porte data do período de 1846 e 1906, quando foi editada a Flora brasiliensis, por von Martius, Eichler & Urban, com 22.767 espécies. O sistema online apresenta 41.123 espécies da flora, sendo 3.633 de fungos, 3.521 de algas, 1.522 de briófitas, 1.176 de pteridófitas, 23 de gimnospermas e 31.248 de angiospermas.
O usuário encontrará informações sobre a distribuição geográfica por região, poderá consultar também sinônimos utilizados para cada espécie e quais são de ocorrência exclusiva no Brasil.
Fonte: Globo Rural
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